En abril de 2014 Dinamo Zagreb acordaba el fichaje del tocopillano Junior Fernandes, un acuerdo que se sellaba tras una temporada como cedido por parte del Bayer Leverkusen en que el chileno brilló en el fútbol croata anotando hasta 18 goles en todas las competiciones.
Como un jugador ya consolidado en el plantel, el delantero se encargó de ser parte de las gestas del club durante sus primeros años, saliendo campeón de la liga croata en la temporada 14/15 y de la copa de Croacia del mismo año. Sin embargo, el chileno no pudo repetir las mismas alegrías en las noches europeas, habiendo quedado fuera de la Champions League en las rondas previas a la fase de grupos.
Sería al año siguiente, en la temporada 15/16, que los de Zagreb superarían las rondas de clasificación dejando atrás al Fola de Luxemburgo, al Molde de Noruega y al KF Skënderbeu de Albania, lo que les dio la posibilidad de formar parte del sorteo de fase de grupos de la Champions League.
Siendo parte del cuarto bombo, la ceremonia realizada por la UEFA determinó un Grupo F que contaría con la participación de Bayern Múnich, Arsenal. Olympiakos y el Dinamo Zagreb de Junior Fernandes, lo que deparó en un encuentro en la jornada debut de la competición contra los de Londres.
El 16 de septiembre de 2015, la máxima competición de clubes de Europa presentó en la cancha del Estadio Maksimir de Croacia a unos locales que venían con una racha de 41 partidos sin perder en todas las competiciones, contra un Arsenal de Arsene Wenger con figuras como Alexis Sánchez, Mesut Özil y el futuro entrenador Gunner, Mikel Arteta.
En un encuentro que estuvo desde un inicio dominado por los visitantes (39,4% – 60,6% de posesión de balón), los locales dieron muestra de sus intenciones por hacer historia y se pusieron en ventaja a los 24′ del primer tiempo con gol de Josip Pivarić tras adentrarse al área desde el lado izquierdo y tomar por sorpresa a la defensa del Arsenal.
El partido se mantuvo con el 1-0 hasta el segundo tiempo, con un Dinamo Zagreb que se hacía grande ante un cuadro inglés que tenía uno menos tras la expulsión temprana de Oliver Giroud. Fue tras un tiro de esquina a los 58 minutos que la figura del partido apareció para consolidar la ventaja del local. Con casi cumplida la hora de juego, Paulo Machado sacó un córner desde la izquierda, Junior Fernandes se fue de su marcador y machacó de cabeza el centro con el que batió al guardameta colombiano David Ospina.
Más tarde, el equipo de Alexis pudo reducir la diferencia tras un gol de Theo Walcott, pero la victoria fue para el conjunto del Fernandes, quien fue elegido como la figura del encuentro por parte de la UEFA y que permitió a los croatas tener su primer triunfo en fase de grupos de una Champions League desde el año 1999.
Aquel gol fue el único que realizó Junior en esa edición de la Champions League y el antepenúltimo que conseguiría en competencias continentales con la camiseta del Dinamo Zagreb, club en el que estuvo hasta la temporada 2017/2018.
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